WikiDer > Транскрипция коэффициентін байланыстыратын сайттың мәліметтер базасы

Transcription factor binding site databases

Сәйкестендіру геномдық реттеуші элементтер даму, физиологиялық және патологиялық процестердің динамикасын түсіну үшін өте маңызды. Соңғы жетістіктер хроматинді иммунопреципитация содан кейін реттілік (ChIP-сек) геном бойынша профильді анықтаудың күшті әдістерін ұсынды ДНҚ-мен байланысатын ақуыздар және гистон модификация.[1][2] ChIP-seq әдістерін қолдану транскрипция коэффициентін байланыстыратын және гистонның модификацияланған учаскелерін сенімді түрде ашты.

Транскрипция коэффициентін байланыстыратын сайттың мәліметтер базасы

Транскрипция факторларын байланыстыратын сайттардың толық тізімі (TFBS) ChIP-seq деректері негізінде келесідей:

Аты-жөніСипаттаматүріСілтемеПайдаланылған әдебиеттер
ChIPBaseҮшін мәліметтер базасын ChIPBase Транскрипцияны фактормен байланыстыратын сайттар, мотивтері (~ 1290 транскрипция коэффициенттері) және LncRNAs, миРНҚ және 10 түрдегі ChIP-seq әдістерінен алынған ~ 10200 шоғырланған шоғырланған мәліметтер жиынтығынан ақуызды кодтайтын гендердерекқорвеб-сайт[3]
ChEAтранскрипция коэффициентін реттеу геном бойынша ChIP-X эксперименттерін біріктіруден шығарды.дерекқорвеб-сайт[4]
ТМД-БПбайланыстырушы домендермен тұжырымдалған транскрипция коэффициентін байланыстыратын сайттардың модельдерін жинау.дерекқорвеб-сайт[5]
CistromeMapChIP-Seq және үшін білім қоры және веб-сервер DNase-Seq тышқан мен адамдағы зерттеулер.дерекқорвеб-сайт[6]
CTCFBSDBүшін мәліметтер базасы CTCF байланыстырушы тораптар және геномдық ұйымдерекқорвеб-сайт[7]
Факторлар кітабыарқылы жасалған транскрипция факторларын байланыстыратын деректерге арналған Wiki негізіндегі мәліметтер базасы ҚОЙЫҢЫЗ консорциум.дерекқорвеб-сайт[8]
hmChIPжалпыға қол жетімді адам мен тышқанның ChIP-seq және ChIP-чип деректерін зерттеуге арналған мәліметтер базасы және веб-сервер.дерекқорвеб-сайт[9]
ХОКОМОКОадам мен тышқанның транскрипциясы факторларын байланыстыратын сайттардың модельдерінің толық жиынтығы.дерекқорвеб-сайт[10]
JASPARJASPAR CORE мәліметтер базасында эукариоттар үшін транскрипция коэффициентін байланыстыратын тәжірибелік жолмен анықталған жинақталған профильдердің жинақталған, артық емес жиынтығы бар.дерекқорвеб-сайт[11][12]
MethMotifТранскрипция факторларын байланыстыратын мотивтердің интегративті жасушасына арналған мәліметтер базасы, ДНҚ метилдеу профильдерімен біріктірілген.дерекқорвеб-сайт[13]
Швейцариялық регулонреттеуші сайттардың геномдық аннотациясының мәліметтер базасы.дерекқорвеб-сайт[14]

Пайдаланылған әдебиеттер

  1. ^ Парк, Питер Дж. (1 қазан 2009). «ChIP-seq: жетілу технологиясының артықшылықтары мен қиындықтары». Табиғи шолулар Генетика. 10 (10): 669–680. дои:10.1038 / nrg2641. ISSN 1471-0056. PMC 3191340. PMID 19736561.
  2. ^ Фарнхам, Пегги Дж. (1 қыркүйек 2009). «Транскрипция факторларын геномдық профильдеу туралы түсініктер». Табиғи шолулар Генетика. 10 (9): 605–616. дои:10.1038 / nrg2636. ISSN 1471-0056. PMC 2846386. PMID 19668247.
  3. ^ Ян, Цзянь-Хуа; Ли, Джун-Хао; Цзян, Шань; Чжоу, Хуй; Qu, Лян-Ху (1 қаңтар 2013). «ChIPBase: ChIP-Seq деректерінен ұзақ кодталмаған РНҚ мен микроРНҚ гендерінің транскрипциялық реттелуін декодтауға арналған мәліметтер базасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 41 (Деректер базасы мәселесі): D177–187. дои:10.1093 / nar / gks1060. ISSN 1362-4962. PMC 3531181. PMID 23161675.
  4. ^ Лахман, Александр; Сю, Хуилэй; Кришнан, Джаянт; Бергер, Сет I .; Мазлум, Амин Р .; Ma'ayan, Avi (1 қазан 2010). «ChEA: жалпы геномды ChIP-X тәжірибелерін интеграциялаудан алынған транскрипция факторының реттелуі». Биоинформатика. 26 (19): 2438–2444. дои:10.1093 / биоинформатика / btq466. ISSN 1367-4811. PMC 2944209. PMID 20709693.
  5. ^ Вейраух, Т .; Янг, А .; Альбу, М .; Кот, А.Г .; Черногория-Монтеро, А .; Дрю, П .; Наджафабади, Х.С .; Ламберт, С.А .; Манн, Мен .; Кук, К .; Чжэн Х .; Гоити, А .; Ван Бакел, Х .; Лозано, Дж. С .; Галли, М .; Льюси, М.Г .; Хуанг, Е .; Мукерджи, Т .; Чен, Х .; Рис-Хойес, Дж. С .; Говиндаражан, С .; Шаулский, Г .; Walhout AJM; Бугет, Ф. Ю .; Ратч, Г .; Ларрондо, Л.Ф .; Эккер, Дж. Р .; Хьюз, Т.Р (2014). «Эукариоттық транскрипция коэффициентінің реттілігін анықтау және қорытындылау». Ұяшық. 158 (6): 1431–1443. дои:10.1016 / j.cell.2014.08.009. PMC 4163041. PMID 25215497.
  6. ^ Цинь, Бо; Чжоу, Мен; Ге, Ин; Тэинг, Лен; Лю, Дао; Ван, Цянь; Ван, Су; Чен, Джуншен; Шен, Lingling; Дуан, Сикун; Ху, Шэнгён; Ли, Вэй; Ұзын, Генри; Чжан, Ён; Лю, X. Ширли (2012 ж., 15 мамыр). «CistromeMap: тышқан мен адамда ChIP-Seq және DNase-Seq зерттеулеріне арналған білім қоры және веб-сервер». Биоинформатика. 28 (10): 1411–1412. дои:10.1093 / биоинформатика / bts157. ISSN 1367-4811. PMC 3348563. PMID 22495751.
  7. ^ Зибарт, Джесси Д .; Бхаттачария, Аниндия; Цуй, Ян (1 қаңтар 2013). «CTCFBSDB 2.0: CTCF байланыстыратын сайттар мен геномдарды ұйымдастыруға арналған мәліметтер базасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 41 (Деректер базасы мәселесі): D188–194. дои:10.1093 / nar / gks1165. ISSN 1362-4962. PMC 3531215. PMID 23193294.
  8. ^ Ван, Джи; Чжуан, Джиали; Айер, Совмя; Линь, Синь-Ин; Гривен, Мелисса С .; Ким, Бонг-Хён; Мур, Джил; Пирс, Брайан Дж.; Дун, Сянцзюнь; Вергилий, Даниэль; Бирни, Эван; Хун, Хуй-Хун; Вэн, Чжипинг (1 қаңтар 2013). «Factorbook.org: ENCODE консорциумы құрған транскрипция факторларын байланыстыратын деректерге арналған Wiki-ге негізделген дерекқор». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 41 (Деректер базасы мәселесі): D171–176. дои:10.1093 / nar / gks1221. ISSN 1362-4962. PMC 3531197. PMID 23203885.
  9. ^ Чен, Ли; Ву, Джордж; Джи, Хонгкай (15 мамыр 2011). «hmChIP: жалпыға қол жетімді адам мен тышқанның ChIP-seq және ChIP-чип деректерін зерттеуге арналған мәліметтер базасы және веб-сервер». Биоинформатика. 27 (10): 1447–1448. дои:10.1093 / биоинформатика / btr156. ISSN 1367-4811. PMC 3087956. PMID 21450710.
  10. ^ Кулаковский, Иван В.; Воронцов, Илья Е .; Евшин, Иван С .; Соболева, Анастасия В .; Касьянов, Артем С .; Ашур, Хайтам; Ба-Алави, жоқтау; Байич, Владимир Б .; Медведева, Юлия А .; Колпаков, Федор А .; Макеев, Всеволод Дж. (4 қаңтар 2016). «HOCOMOCO: транскрипция коэффициентін байланыстыратын сайттардың модельдерін жинау және кеңейту». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 44 (D1): D116-125. дои:10.1093 / nar / gkv1249. ISSN 1362-4962. PMC 4702883. PMID 26586801.
  11. ^ Санделин, А; Alkema, W; Энгстрем, П; Вассерман, WW; Lenhard, B (1 қаңтар 2004). «JASPAR: эукариоттық транскрипция факторларын байланыстыратын профильдер үшін ашық мәліметтер базасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 32 (Деректер базасы мәселесі): D91–4. дои:10.1093 / nar / gkh012. PMC 308747. PMID 14681366.
  12. ^ Хан, Азиз; Форнес, Ориол; Стиглиани, Арно; Георге, Мариус; Кастро-Мондрагон, Хайме А .; ван дер Ли, Робин; Бесси, Адриен; Ченеби, Жанна; Кулкарни, Шубхада Р .; Тан, Ге; Баранасич, Дамир; Аренильяс, Дэвид Дж.; Санделин, Альбин; Вандепоеле, Клас; Ленхард, Борис; Баллестер, Беной; Вассерман, Вайт В.; Парси, Франсуа; Мателье, Энтони (13 қараша 2017). «JASPAR 2018: транскрипция коэффициентін байланыстыратын профильдердің ашық веб-базасын және оның веб-базасын жаңарту». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 46 (D1): D260 – D266. дои:10.1093 / nar / gkx1126. PMC 5753243. PMID 29140473.
  13. ^ Лин, Куй Сяо Сюань; Сиан, Стефани; Ан, Омер; Тифри, Денис; Джа, Судхакар; Бенукраф, Туати (31 қазан 2018). «MethMotif: транскрипция факторларын байланыстыратын мотивтердің интегративті жасушалық арнайы базасы, ДНҚ метилдеу профилдерімен біріктірілген». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 47 (D1): D145 – D154. дои:10.1093 / nar / gky1005. PMC 6323897. PMID 30380113.
  14. ^ Пачков, Михаил; Бальвьерц, Пиотр Дж.; Арнольд, Фил; Озонов, Евгений; ван Нимвеген, Эрик (1 қаңтар 2013). «SwissRegulon, реттеуші сайттардың геномдық аннотациясының мәліметтер базасы: соңғы жаңартулар». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 41 (Деректер базасы мәселесі): D214–220. дои:10.1093 / nar / gks1145. ISSN 1362-4962. PMC 3531101. PMID 23180783.