WikiDer > Джеймс Манф

James Cuff
Шатастыруға болмайды Джеймс Каффе (мағынасын айыру).

Доктор Джеймс Эндрю Каф
Туған1974 ж (45-46 жас)[дәйексөз қажет]
Алма матерХристос шіркеуі, Оксфорд
Ғылыми мансап
МекемелерГарвард университеті
Кең институт

Еуропалық биоинформатика институты
Оксфорд университеті
Манчестер университеті
ДиссертацияАқуыздың құрылымын болжау (1999)
Докторантура кеңесшісіДжеффри Дж.Бартон[1]
Веб-сайтблог.juff.желі
туралы.ме/ jcuff
twitter.com/ jamesdotcuff
ғалымГарвард.edu/ jcuff

Джеймс Эндрю манжет, (туған Престон, Ланкашир) британдық биофизик. Манжет жетекші лауазымдарда болған Гарвард университеті, Кең институт, Wellcome Trust Sanger институты және Еуропалық биоинформатика институты.

Білім

Манжета PhD докторы Ақуыздардың құрылымын болжау[1] бастап Оксфорд университеті, және ғылым бакалавры Химия бастап Манчестер университеті.

Зерттеу

Cuff зерттеуі зерттейді геномика, белок құрылымын болжау, биоинформатика және Жоғары өнімділікті есептеу (HPC).[2][3] Манжета жиырма тоғыз сүтқоректілердің алғашқы бір уақытта геномдық анализін аяқтаған топтардың құрамында жұмыс істеді,[4] адам гендерінің санын нақтылау,[5] және эмбриональды дің жасушаларында кездесетін алғашқы екі валентті хроматин құрылымдары.[6] Сонымен қатар, манжета бірнеше ауқымды жұмыстарға үлес қосты биоинформатика және есептеу биологиясы жобалар, оның ішінде Ансамбль,[7] Жалюв,[8] және бірінші желідегі консенсус екінші ретті құрылымды болжау алгоритм JPred.[9][10] Ол тышқан, ит және монодельфис геномдарының шешімін қолдады[11][12][13] және ерте ҚОЙЫҢЫЗ жоба.[14]

Ертедегі жұмыс негізінде компьютерлік кластерлер,[15] Манжеттің дизайны мен сәулетіне көмектесті Массачусетс Жасыл өнімділігі жоғары есептеу орталығы, миллион доллар[16] деректер орталығы арасындағы жоба Гарвард университеті, MIT, Бостон университеті, Солтүстік-шығыс университеті, және Массачусетс университеті. Сондай-ақ, манжета JAuth деп аталатын ашық бастапқы кодымен аутентификациялаудың танымал әдісі болып табылады.[17] Манжет сонымен қатар негізгі тергеуші болып табылады.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Cuff, James (1999). Ақуыздың құрылымын болжау (PhD диссертация). Оксфорд университеті.
  2. ^ Джеймс Манф индекстелген басылымдар Google Scholar
  3. ^ Жарияланымдар тізімі бастап Microsoft Academic
  4. ^ Линдблад-Тох., К .; Гарбер, М .; Зук, О .; Лин, М. Ф .; Паркер, Б. Дж .; Вашитл, С .; Херадпур, П .; Эрнст Дж .; Джордан, Г .; Маукели, Э .; Уорд, Л.Д .; Лоу, С.Б .; Холлоуэй, А. К .; Қысқыш, М .; Гнерре, С .; Альфолди, Дж .; Бил, К .; Чанг, Дж .; Клаусон, Х .; Манжет, Дж .; Ди Пальма, Ф .; Фицджеральд, С .; Флишек, П .; Гуттман М .; Хубиш, Дж .; Джафе, Д.Б .; Джунгрейс, I .; Кент, В. Дж .; Костка, Д .; Лара, М. (2011). «29 сүтқоректілерді қолданатын адам эволюциялық шектеулерінің жоғары ажыратымдылық картасы». Табиғат. 478 (7370): 476–482. Бибкод:2011 ж. 478..476.. дои:10.1038 / табиғат10530. PMC 3207357. PMID 21993624.
  5. ^ Қысқыш, М .; Фрай, Б .; Камал, М .; Xie, X .; Манжет, Дж .; Лин, М. Ф .; Келлис, М .; Линдблад-Тох., К .; Lander, E. S. (2007). «Адам геномындағы ақуызды кодтайтын және кодтамайтын гендерді ажырату». Ұлттық ғылым академиясының материалдары. 104 (49): 19428–19433. дои:10.1073 / pnas.0709013104. PMC 2148306. PMID 18040051.
  6. ^ Бернштейн, Б. Миккелсен, Т.С .; Xie, X .; Камал, М .; Хьюберт, Дж .; Манжет, Дж .; Фрай, Б .; Мейснер, А .; Верниг, М .; Платх, К .; Яениш, Р .; Вагшал, А .; Фейл, Р .; Шрайбер, С .; Lander, E. S. (2006). «Екі валентті хроматин құрылымы эмбрионалды сабақ жасушаларында дамудың негізгі гендерін белгілейді». Ұяшық. 125 (2): 315–326. дои:10.1016 / j.cell.2006.02.041. PMID 16630819.
  7. ^ Хаббард, Т.; Баркер, Д .; Бирни, Э.; Кэмерон, Дж .; Чен, Ю .; Кларк, Л .; Кокс, Т .; Манжет, Дж .; Курвен, V .; Төмен, Т .; Дурбин, Р .; Эйрас, Е .; Гилберт, Дж .; Хаммонд, М .; Хуминиецки, Л .; Каспрзик, А .; Лехваслайхо, Х .; Лижнзаад, П .; Мелсопп, С .; Монгин, Е .; Петтетт, Р .; Покок, М .; Поттер, С .; Rust, A .; Шмидт, Е .; Серл, С .; Слейтер, Г .; Смит, Дж .; Қасықшы, В .; Штабенау, А. (2002). «Ensembl геномының мәліметтер қорының жобасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 30 (1): 38–41. дои:10.1093 / нар / 30.1.38. PMC 99161. PMID 11752248.
  8. ^ Қысқыш, М .; Манжет, Дж .; Серл, С.М .; Бартон, Дж. Дж. (2004). «Jalview Java туралау редакторы». Биоинформатика. 20 (3): 426–427. дои:10.1093 / биоинформатика / btg430. PMID 14960472.
  9. ^ Манжет, Дж. А .; Бартон, Дж. (2000). «Ақуыздың екінші құрылымын болжауды жақсарту үшін бірнеше ретке келтіру профильдерін қолдану». Ақуыздар: құрылымы, қызметі және генетика. 40 (3): 502–511. дои:10.1002 / 1097-0134 (20000815) 40: 3 <502 :: AID-PROT170> 3.0.CO; 2-Q. PMID 10861942.
  10. ^ Манжет, Дж. А .; Бартон, Дж. Дж. (1999). «Ақуыздың екінші құрылымын болжаудың бірнеше реттілігін бағалау және жетілдіру». Ақуыздар: құрылымы, қызметі және генетика. 34 (4): 508–519. дои:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (19990301) 34: 4 <508 :: AID-PROT10> 3.0.CO; 2-4. PMID 10081963.
  11. ^ Чинвалла, А. Т .; Уотерстон, Л.Л .; Линдблад-Тох, К.Д .; Бирни, Г.А .; Роджерс, Л.А .; Абрил, Р. С .; Агарвал, Т.А .; Агарвала, Л.В .; Айнсук, Э. Р .; Александрссон, Дж. Д .; Ан, Т.Л .; Антонаракис, В. Е .; Аттвуд, Дж. О .; Баертш, М. Н .; Бэйли, К.Х .; Барлоу, С С .; Бек, Т .; Берри, Б .; Биррен, Дж .; Блум, Е .; Борк, Р. Х .; Ботчерби, М. С .; Брей, Р. К .; Брент, С.П .; Браун, П .; Браун, Э .; Булт, Б .; Бертон, Т .; Батлер, Д.Г .; т.б. (2002). «Тінтуірдің геномын алғашқы ретке келтіру және салыстырмалы талдау». Табиғат. 420 (6915): 520–562. Бибкод:2002 ж. 420..520W. дои:10.1038 / табиғат01262. PMID 12466850.
  12. ^ Линдблад-Тох., К .; Уэйд, К.М .; Миккелсен, Т.С .; Карлссон, Э. К .; Джафе, Д.Б .; Камал, М .; Қысқыш, М .; Чанг, Дж. Л .; Кульбокас, Е. Дж .; Зоди, М. С .; Маукели, Э .; Xie, X .; Брин, М .; Уэйн, Р.К .; Острандер, Э. А .; Понтинг, C. П .; Галиберт, Ф .; Смит, Д.Р .; Деджонг, П.Ж .; Киркнесс, Э .; Альварес, П .; Биаги, Т .; Брокман, В .; Батлер Дж .; Чин, В.В .; Кук, А .; Манжет, Дж .; Дейли, Дж .; Декаприо, Д .; т.б. (2005). «Геномдар тізбегі, салыстырмалы талдау және үй иттерінің гаплотиптік құрылымы». Табиғат. 438 (7069): 803–819. Бибкод:2005 ж. 438..803L. дои:10.1038 / табиғат04338. PMID 16341006.
  13. ^ Миккелсен, Т.С .; Уэйкфилд, Дж .; Акен, Б .; Амемия, C. Т .; Чанг, Дж. Л .; Герцог С .; Гарбер, М .; Джентлз, А. Дж .; Гудштадт, Л .; Хегер, А .; Джурка Дж .; Камал, М .; Маукели, Э .; Серл, С.М. Дж.; Шарп, Т .; Бейкер, М.Л .; Батцер, М. А .; Бенос, П.В .; Белов, К .; Қысқыш, М .; Кук, А .; Манжет, Дж .; Дас, Р .; Дэвидов, Л .; Дэакин, Дж. Е .; Фаззари, М. Дж .; Шыны, Дж. Л .; Граберр, М .; Греалли, Дж. М .; Gu, W. (2007). «Monodelphis domestica марсупиалдарының геномы кодталмаған тізбектердегі инновацияларды ашады». Табиғат. 447 (7141): 167–177. Бибкод:2007 ж.447..167M. дои:10.1038 / табиғат05805. PMID 17495919.
  14. ^ ENCODE Жоба Консорциумы; Бирни Э.; Stamatoyannopoulos JA; Дутта А; Гиго Р; Gingeras TR; Margulies EH; Вэн З; Снайдер М; Dermitzakis ET; т.б. (2007). «ENCODE пилоттық жобасы бойынша адам геномының 1% -ындағы функционалды элементтерді анықтау және талдау». Табиғат. 447 (7146): 799–816. Бибкод:2007 ж.447..799B. дои:10.1038 / табиғат05874. PMC 2212820. PMID 17571346.
  15. ^ Манжет, Дж. А .; Коутс, Г.М .; Кеттс, Т. Дж .; Rae, M. (2004). «Ансамбльді есептеу архитектурасы». Геномды зерттеу. 14 (5): 971–975. дои:10.1101 / гр. 1866304. PMC 479128. PMID 15123594.
  16. ^ Сауда департаментінің баспасөз релизі, 2011 жылғы 24 тамыз
  17. ^ https://github.com/mclamp/jauth/