WikiDer > CrAsfhage

CrAssphage

крАсфаг
Вирустардың жіктелуі
Топ:
І топ (dsDNA)
Тапсырыс:
Каудовиралес?[1]
Отбасы:
Подовирида?[1]
Тұқым:
crAss тәрізді фагтар[1]
Түрлер

крАсфаг (кросс-құрастыру фагы) - бұл бактериофаг (бактерияларды жұқтыратын вирус) 2014 жылы адамның нәжісі туралы жалпыға қол жетімді ғылыми мәліметтерді есептеу анализі арқылы анықталған метагеномалар.[2] Оның ДНҚ шеңберлі геномы шамамен 97 құрайды kbp көлемінде және болжанған 80-нен тұрады ашық оқу шеңберлері, және дәйектілік әдетте адамның нәжіс үлгілерінде кездеседі.[2] Табылған кезде вирус филамның бактерияларын жұқтырады деп болжанған Бактериоидтер көптеген жануарлардың, соның ішінде адамның ішек жолдарында жиі кездеседі.[2] Содан бері бактериофаг оқшауланған in vitro және жұқтырғаны расталды Bacteroides intestinalis.[3] Талдау негізінде метагеномика деректер, крАсфагтар тізбегі барлық іріктелген адамдардың жартысында анықталды.[2] Вирус crAss (кросс-құрастыру) атымен аталды[4][5] вирустық геномды табу үшін қолданылған бағдарламалық жасақтама. CrAsfhage а деп аталатын алғашқы организм болуы мүмкін компьютерлік бағдарлама жарнамалық мақсаттар үшін.[6]

КрАсфагтың 2014 жылы табылған кезде оның белгілі туыстары болмаған болса, 2017 жылы бірқатар вирустар табылды.[1] Көпшілікке арналған нуклеотидтік мәліметтер базасындағы және филогенетикалық анализге байланысты дәйектіліктер экранына сүйене отырып, крАсфаг кеңейтілген бактериофагтың бөлігі болуы мүмкін деген қорытындыға келді. отбасы (Подовирида, тапсырыс Каудовиралес) қоршаған ортада, соның ішінде адамның ішегі мен нәжісі, термит ішегі,[1][7][8] құрлықтағы / жер асты сулары, сода көлі (гиперсалиндік тұздық), теңіз шөгінділері және өсімдіктердің тамырлары.[1]

КрАсфагтың адам денсаулығына немесе ауруына қатысы бар екендігі туралы белгі жоқ.[9] Вирус асып кетуі мүмкін бактериялар адамның нәжіспен ластануының белгісі ретінде.[10][11][12]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c г. e f Наталья Ютин; Макарова Кира; Аял Б.Гуссов; Март Крупович; Анка Сегалл; Роберт А. Эдвардс; Евгений В.Коонин (2017). «Адам ішегінен ең көп таралған вирустарды қамтитын кеңейтілген бактериофагтар отбасының ашылуы». Табиғат микробиологиясы. 3 (1): 38–46. дои:10.1038 / s41564-017-0053-ж. PMC 5736458. PMID 29133882.; және Евгений В.Коонин: Қағаздың артында: Адаммен байланысты ең көп таралған вирус енді жетім емес, 13 қараша, 2017 жыл
  2. ^ а б c г. Бас Э. Дутилх; Норико Кассман; Кателин Макнайр; Саванна Э. Санчес; Дженивальдо Г. З. Сильва; Лэнс Болинг; Джереми Дж. Барр; Даан Р.Спет; Виктор Сегуритан; Рами К. Азиз; Бен Фелтс; Элизабет А. Динсдейл; Джон Л.Мокили; Роберт А. Эдвардс (2014). «Адамның нәжіс метагеномаларының белгісіз тізбектерінен табылған өте көп бактериофаг». Табиғат байланысы. 5: 4498. Бибкод:2014NatCo ... 5.4498D. дои:10.1038 / ncomms5498. PMC 4111155. PMID 25058116.
  3. ^ Шкопоров А.Н., Хохлова Е.В., Фицджералд CB, Стокдейл СР, Драпер Л.А., Росс П, Хилл С (2018). «ΦCrAss001 адамның ішегіндегі ең көп таралған бактериофагтар тұқымдасын білдіреді және Bacteroides intestinalis-ті жұқтырады». Табиғат байланысы. 9 (1): 4781. Бибкод:2018NatCo ... 9.4781S. дои:10.1038 / s41467-018-07225-7. PMC 6235969. PMID 30429469.
  4. ^ Метагеномдардың өзара қиылысуы
  5. ^ Бас Э. Дутилх; Роберт Шимедер; Джим Нултон; Бен Фелтс; Питер Саламон; Роберт А. Эдвардс; Джон Л.Мокили (2012). «Көлденең құрастыруды қолданатын анықтамалық тәуелсіз салыстырмалы метагеномика: crAss». Биоинформатика. 28 (24): 3225–3231. дои:10.1093 / биоинформатика / bts613. PMC 3519457. PMID 23074261.
  6. ^ Чамари, Дж. В. «Жалпы вирус сіздің ішек бактерияларыңызды жейді». Forbes. Алынған 2019-04-19.
  7. ^ Тихе, Чинмай V .; Гуссендер, Клаудия (2018). «Термит ішегінің метавиромалық тізбегі зерттелмеген бактериофагтар қауымдастығының бар екендігін көрсетеді». Микробиологиядағы шекаралар. 8: 2548. дои:10.3389 / fmicb.2017.02548. ISSN 1664-302X. PMC 5759034. PMID 29354098.
  8. ^ Прамоно, Адженг К .; Кувахара, Хироказу; Итох, Такехико; Тойода, Атсуши; Ямада, Акинори; Hongoh, Yuichi (2017). «Термит ішегіндегі целлулолиттік протеиннің міндетті жасушаішілік симбионтынан бактериофагтың толық геномдық тізбегі табылуы». Микробтар және қоршаған орта. 32 (2): 112–117. дои:10.1264 / jsme2.ME16175. ISSN 1342-6311. PMC 5478533. PMID 28321010.
  9. ^ Y.Y. LIANG; В. ЧЖАН; YG TONG; S.P. CHEN (2016). «крАсфаг диареямен байланысты емес және жоғары генетикалық әртүрлілікке ие». Эпидемиология және инфекция. 144 (16): 3549–3553. дои:10.1017 / S095026881600176X. PMID 30489235.
  10. ^ Ахмед W; Лобос А; Сенкбейл Дж; Перу Дж; Галлард Дж; Harwood VJ (2017). «Тампа, Флорида штатында ағынды сулардың ағынды суларының ластануын қадағалауға арналған жаңа CRAsfhage маркерін бағалау». Суды зерттеу. 131: 142–150. дои:10.1016 / j.watres.2017.12.011. PMID 29281808.
  11. ^ Гарсия-Алжаро С; Ballesté E; Муниеса М; Jofre J (2017). «Су сынамаларындағы крАсфагты анықтау және адамның нәжіспен ластануын бақылау үшін қолдану». Микробтық биотехнология. 10 (6): 1775–1780. дои:10.1111/1751-7915.12841. PMC 5658656. PMID 28925595.
  12. ^ Stachler E; Келти С; Сиваганесан М; Ли Х; Бибби К; Shanks OC (2017). «Адамның нәжіспен ластануын өлшеуге арналған сандық CrAssphage PCR анализі». Қоршаған орта туралы ғылым және технологиялар. 51 (16): 9146–9154. Бибкод:2017EnST ... 51.9146S. дои:10.1021 / acs.est.7b02703. PMC 7350147. PMID 28700235.

Сыртқы сілтемелер